Η ανάκτηση της Κρήτης από τους Βυζαντινούς έφερε πρόοδο στο νησί, ορίσθηκε διοικητής, στρατηγός που αργότερα επί αυτοκράτορα Αλεξίου Α’ Κομνηνού (1081 – 1118) ο διοικητής της Κρήτης φέρει τον τίτλο του Δούκα – Κατεπάνω αξίωμα ανώτερο του στρατηγού. Ο Νικηφόρος Φωκάς για την βοήθεια που του έδωσαν οι Σφακιανοί τους αντάμειψε με την μη φορολόγηση τους.
Αυτήν την περίοδο έγινε η εγκατάσταση των «δώδεκα αρχοντόπουλων» για να ενισχύσουν την εξουσία του Βυζαντίου στο νησί.
Οι άρχοντες αυτοί ήσαν από τις οικογένειες των
Φωκάδων, Σκορδίληδων,Γαβαλάδων, Καλαφάτων,
Αρκολέων. Χορτάτζηδων, Μουσούρων, Βαρούχων,
Μελισσηνών, Λιτίνων, Αργυρόπουλων ή Αγιοστεφανιτών και Βλαστών.
Αυτές οι οικογένειες μπροστάρηδες θα αντισταθούν στον επόμενο κατακτητή τους Ενετούς, με δεκάδες επαναστάσεις θα καταφέρουν να διατηρήσουν τον Ελληνισμό και την Ορθοδοξία. Οδηγώντας τον λαό της Κρήτης στις μάχες το αίμα από αυτές τις οικογένειες θα τρέξει άφθονο κατά την διάρκεια της ενετοκρατίας αλλά και μετά στην Τουρκοκρατία.
Στα εκκλησιαστικά πράγματα ανασυστάθηκε η αρχιεπισκοπή με έδρα το χάνδακα (Ηράκλειο).
Αυτή την περίοδο μέσα του 10ου αιώνα γεννήθηκε ο όσιος Ιωάννης ο Ξένος στο Σίβα Ηρακλείου μορφωμένος και δραστήριος μοναχός ίδρυσε πολλά μοναστήρια ανάμεσα στα οποία και τη Μονή Μυριοκεφάλων στο Ρέθυμνο.