Στα εκκλησιαστικά πράγματα αρχιεπίσκοπος Κρήτης ήταν πάντα Λατίνος Καθολικός.
Όποιος ήθελε να γίνει ιερωμένος στην Κρήτη έπρεπε να πάει στην Πελοπόννησο ή την Μ. Ασία για να βρει αρχιερέα να τον χειροτονήσει αλλά και η κατάληψη θέσης παπά σε ενορία περνούσε από τον σχολαστικό έλεγχο των Ενετών.
Ευτυχώς τα μοναστήρια έγιναν οι εστίες που στήριξαν την ορθοδοξία στο νησί, σ’ αυτά λειτουργούν σχολεία, υπάρχουν βιβλιοθήκες, γίνονται αντιγραφές βιβλίων.
Κράτησε αναγνώστη τα ονόματα αυτών των μοναστηριών: Αρκαδίου στο Ρέθυμνο, Αγία Τριάδα Τζαγκαρόλων στα Χανιά, του Βροντησίου στο Ηράκλειο της Ακρωτηριανής (Τοπλού) στη Σητεία, των Απεζανών στο νότιο Ηράκλειο, η μονή Αγκαράθου και της Αγίας Αικατερίνης στο Ηράκλειο και αν μπορείς επισκέψου τα να δεις τα εκθέματά τους, ότι έμεινε γιατί ο πλούτος τους πουλήθηκε κατά τις επαναστάσεις επί Τουρκοκρατίας για την αγορά πολεμοφοδίων.