Η Κρήτη οχυρώθηκε από τους Βενετούς με φρούρια, ειδικά το φρούριο του Ηρακλείου (Χάνδακας) εθεωρείτο απόρθητο, σήμερα σώζονται σε καλή κατάσταση στο Ρέθυμνο το φρούριο της Φορτέτσας και νότια των Σφακίων το Φραγκοκάστελλο κ.α.
Δυστυχώς η Κρήτη στα μέσα του 17ου αιώνα είναι το σύνορο ανάμεσα στην Μουσουλμανική Τουρκία και στον Χριστιανικό κόσμο. Οι Τούρκοι την έβλεπαν σαν αγκάθι στην αυτοκρατορία τους, όμως η ναυμαχία της Ναυπάκτου 1571 και η καταστροφή του στόλου τους ανέβαλε τα σχέδιά τους.
Η άνοδος στο θρόνο του σουλτάνου Μουράτ Δ’ (1623-1640) έφερε αναδιοργάνωση του στρατού και ανόρθωση της οικονομίας, η Οθωμανική αυτοκρατορία είναι πάλι ισχυρή για νέους κατακτητικούς πολέμους.
Αντίθετα η Βενετία μαστίζεται από οικονομική κρίση, οι μισθοί των αξιωματικών για πρώτη φορά δεν καταβάλλονται τακτικά, η συντήρηση των φρουρίων παραμελείται. Ένας ακόμα παράγων της παραμέλησης στην άμυνα της Κρήτης ήταν η επιτυχία της Τουρκικής διπλωματίας να περάσει στους Ενετούς την ιδέα ότι θα εξεστράτευαν στην νότιο Ιταλία και όχι στην Κρήτη.
Οι Κρήτες στον Ενετοτουρκικό πόλεμο βρέθηκαν σε δίλημμα ποιόν να υποστηρίξουν και οι δύο εμπόλεμοι ήσαν κατακτητές. Τελικά σε πολλές περιπτώσεις οι Κρήτες έμπρακτα υποστήριξαν τους Χριστιανούς Ενετούς και ας ισχυρίζονται οι Ενετοί το αντίθετο.
Έξω από τα τείχη του Χάνδακα και σε αντιπερισπασμό των Τούρκων πολεμά ο αρχοντορωμαίος Ευστράτιος Σκορδύλης, για την γενναιότητά του οι Τούρκοι τον αποκαλούν Βούρμπαχη, αυτό έμελλε να είναι από εδώ και στο εξής το οικογενειακό μας επίθετο. Δυστυχώς οι Ενετοί δεν τόλμησαν και προ του μεγάλου κινδύνου να εξοπλίσουν τους Κρήτες.
Οι Τούρκοι 23 Ιουνίου του 1645 με 450 πλοία και 50.000 άνδρες αποβιβάζονται στα δυτικά των Χανίων στο μοναστήρι της Κυρίας Γωνιάς, στο νησάκι Θοδωρού ο ενετός φρούραρχος με την είσοδο των Τούρκων στο φρούριο του το ανατινάζει.
Η πολιορκία των Χανίων άρχισε αμέσως αλλά ο αγώνας είναι άνισος 800 Ενετοί και 1000 Έλληνες πολιτοφύλακες εναντίον των Τούρκων. Στις 17 Αυγούστου σε μια μόνο έφοδο από τους πολιορκούμενους χάθηκαν 500 άνδρες, η πόλη παραδόθηκε με έντιμους όρους στις 22 Αυγούστου 1645 μετά από ηρωική αντίσταση δύο μηνών.
Το μοναστήρι της Κυρίας Χρυσοπηγής με ηγούμενο το Φιλόθεο Σκούφο και 34 μοναχούς αγωνίσθηκε πριν παραδοθεί στην Τουρκική μανία μόνο τρεις από αυτούς κατάφεραν να σωθούν.
Την επόμενη χρονιά στις 13 Νοεμβρίου 1646 αρχίζει η πολιορκία του Ρεθέμνου η πόλη δεν μπορεί να κρατηθεί και οι υπερασπιστές με τα γυναικόπαιδα αποσύρονται στο φρούριο της Φορτέτσας η κατάσταση όμως είναι τραγική. Η συνθηκολόγηση ήλθε αναπόφευκτα έτσι η πόλη των γραμμάτων και της πνευματικής παράδοσης πέφτει στα χέρια του σκοταδισμού.
Το μεγαλύτερο μέρος του νησιού είναι υπό Τουρκική κατοχή, μένει ελεύθερο το μεγάλο Κάστρο ή Χάνδακας σήμερα Ηράκλειο όπου έχουν καταφύγει οι Ενετοί με τις οικογένειές τους και τα φρούρια Σπιναλόγκα, Σούδας και Γραμπούσας.
Η πολιορκία του Χάνδακα άρχισε το Μάιο του 1648 και θα τελειώσει το 1669 εικοσιένα χρόνια αργότερα με την παράδοση της πόλης. Στον πόλεμο του Χάνδακα αντιπαρατέθηκαν δύο πολιτισμοί ο δυτικός και συγκεκριμένα ο Χριστιανισμός με την ανατολή και τον Μωαμεθανισμό της. Γερμανοί, Γάλλοι, Ισπανοί, Ιταλοί, Ολλανδοί, Ενετοί και Κρήτες εναντίον των Τούρκων, μειονέκτημα των δυτικών είναι οι διχογνωμίες ανάμεσα στους στρατηγούς τους.
Τα τελευταία χρόνια της πολιορκίας βρίσκουν αντίπαλους δύο άξιους στρατηγούς το Φραντζέσκο Μοροζίνη και το Μέγα Βεζίρη Αχμέτ Κιοπρουλή. Οι Τούρκοι είναι αποφασισμένοι να τελειώσουν με νίκη, έξω από τα γιγάντια τείχη φτιάχνουν ακόμη και χυτήρια για την αντικατάσταση των κατεστραμμένων κανονιών τους.
Η πόλη έχει ουσιαστικά καταστραφεί από τους συνεχής βομβαρδισμούς, ο ποιητής Μαρίνος Τζάνε Μπουνιαλής δίνει την εικόνα της συμφοράς:
Βροχή τσι πέτρες ρίχνει μου, τσι μπάλες σαν χαλάζι αστροπελέκι λουμπαρδιές και να μηδέν σκολάζει. Άνθρωπος δεν επήγαινε στο σπίτι να κοιμάται ουδέ ποθές να πορπατή και ν αμηδέν φοβάται.’’
Ένα ριζίτικο* τραγούδι αναφέρει για την πόλη:
‘’Κάστρο** και που ν οι πύργοι σου και τα καμπαναριά σου, και που ν οι αντρειωμένοι σου, τ’ όμορφα παλικάρια; Μα μένα οι αντρειωμένοι μου, τ όμορφα παλικάρια, η μαύρη γης τα χαίρεται στο μαυρισμένο άδη.’’
Ο Αρχιστράτηγος Μοροζίνη, προβλέποντας ότι δεν μπορεί να βαστάξει περισσότερο άρχισε τον Αύγουστο του 1669 με μυστικότητα διαπραγματεύσεις για παράδοση υπό όρους. Εκπρόσωποι του Κιοπρουλή ο Αχμέτ Αγάς και ο Παναγιώτης Νικούσιος, από τον Μοροζίνη ο Κρητικός ευγενής Στέφανος Σκορδίλης και ο Σκοτσέζος Annant.
Η συνθήκη παράδοσης υπογράφηκε 16 Σεπτεμβρίου και ο Μοροζίνη είχε προθεσμία 12 ημερών να εκκενώσει την πόλη. Ο τελευταίος χριστιανός που εγκατέλειψε τον Χάνδακα ήταν ένας Γερμανός αξιωματικός.
* Ριζίτικα τραγούδια του λαού που μεταφέρονται από στόμα σε στόμα και τραγουδιούνται με ανάλογο σκοπό.
** Κάστρο ή Χάνδακας ή Μεγάλο Κάστρο το σημερινό Ηράκλειο. Ευτυχώς ο Μοροζίνη σύμφωνα με όρο της συνθήκης πήρε μαζί του το αρχείο του Βασιλείου της Κρήτης σε πέντε πλοία από τα οποία τρία έφθασαν στην Βενετία σώζοντας έτσι μεγάλο μέρος της Κρητικής ιστορίας κατά την περίοδο της Ενετοκρατίας. Για να καταλάβετε το μέγεθος του πολέμου σύμφωνα με πηγές των Τούρκων την νίκη τους την πλήρωσαν με 137.000 νεκρούς.